Die Entwicklungsgeschichte der Chihuahua Hunde ist sehr schwer zurück zu verfolgen und basiert größtenteils auf Spekulationen und Theorien, dennoch konnten durch Volkskunde, Legenden und archäologische Funde genügend Indizien gesammelt werden um ohne Zweifel festzustellen, dass es sich um eine sehr alte Hunderasse handelt deren Ursprung im präkolumbischen Mexiko situiert ist. Weiters darf davon ausgegangen werden, dass es sich beim Chihuahua um die älteste Hunderasse Amerikas handelt. Die am weitesten verbreitete und wahrscheinlichste Theorie ist, dass sich der Chihuahua aus der antiken Techichi Rasse herausgebildet hat. Ein Gesellschaftshund der von den Tolteken (Ureinwohner Amerikas) gehalten wurde, der Chihuahua entstand sehr wahrscheinlich aufgrund von Kreuzungen mit kleinen Hunden aus China die von spanischen Konquistadoren mit nach Amerika gebracht wurden.
Die geschichtlichen Aufzeichnungen über den Techichi können lediglich bis ins 9. Jahrhundert zurückverfolgt werden, doch es ist trotzdem sehr wahrscheinlich, dass dies der Urahn der Chihuahuas ist. Indizien für diese Annahme sind gefundene Überreste von Techichis, die den heutigen Chihuahuas sehr ähnlich sehen. Gefunden wurden diese Fossilien an Plätzen wie den Pyramiden von Cholula, diese Gebäude entstanden schon im 2. Jahrhundert vor Christus. Es gibt sogar Beweise, dass der Techichi älter als die Mayas ist. Forscher glauben, dass die Azteken nachdem sie die Tolteken besiegt hatten, den Urahn des Chihuahuas adoptierten und er als Symbol für die höheren Klassen galt.
Weiters wird angenommen, dass die Tiere für religiöse Zeremonien verwendet wurden, wie zum Beispiel die Freisprechung von Sünden oder um die Seele nach dem Tod die richtige Richtung zu weisen. Was die Größe der Chihuahuas anbelangt, so war der Urahn größer als diese, wie zuvor schon erwähnt ist dies laut Geschichtsforschern auf die Kreuzung mit kleinen chinesischen Hunden zurückzuführen die von den Spaniern nach Südamerika gebracht wurden. Es wird allgemein hin angenommen, dass die Reduktion der Größe durch Kreuzungen mit dem Chinesischen Schopfhund und ähnlichen Rassen entstand. Sehr viel später, in einem Brief an den König von Spanien, schrieb Christopher Columbus von einem kleinen Hund der nach der Beschreibung im Brief einem Chihuahua sehr ähnlich kommt, dies führt zu der Annahme, dass die Immigration der Rasse in Europa von Columbus eingeleitet wurde.
Der „moderne“ Chihuahua wurde 1850 in alten Ruinen in der Nähe von Casas Grandes im mexikanischen Staat Chihuahua gefunden, von hier stammt auch der Name der Hunderasse. Die Staatsgrenzen von Chihuahua grenzen direkt an Texas, Arizona und New Mexico von denen aus sich der Chihuahua auch in den Vereinigten Staaten verbreitete. Seit dieser Zeit, hat sich der Chihuahua konstant weiter verbreitet und ist auch eine sehr populäre Rasse, im Speziellen in Amerika. Die erste Registrierung erfolgte 1904 durch den American Kennel Club (AKC). Mittlerweile gehört der Chihuahua zu den beliebtesten Modehunden ähnlich wie der Mops und die Französische Bulldogge.